1762년에 일시적으로 마닐라가 영국군에 의해 점령 되었으나, 1764년에 협정이 맺어져 다시 스페인 관할로 편입되게 된다. 이 무렵 인트라무로스는 완성된 견고한 요새 도시로 동양의 거점 도시가 되어 있었다. 교역이 활발해지면서, 마닐라에 많은 사람들이 방문하게 되자 마닐라는 한층 발전하여, 인트라무로스 외부의 지역도 발달하게 되었다.   스페인이 강국의 지위를 상실한 이후에도 필리핀과 마닐라는 스페인의 지배 하에 계속 있었지만, 19세기가 되면서 필리핀 지식인들 사이에서 독립 운동이 활발하게 전개 되었다. 호세 리잘(Jose Rizal)의 계몽 운동과 카티푸난의 군사 행동으로 필리핀 독립이 진전되는 듯 하였지만, 1898년 미국-스페인 전쟁을 통해 마닐라의 스페인 함대가 미국 함대에게 통렬히 격파되면서 필리핀 사람들의 독립에 대한 열망은 허사가 되었다. 전후 《파리 조약》에 따라 필리핀은 미국 영토로 편입 되었다. 일부 투사들은 더욱 더 격렬한 저항을 했지만, 필리핀-미국 전쟁이 발발하면서, 필리핀이 완전히 미국령이 되는 것을 피할 수 없었다.   미국 점령 하의 마닐라에서는 동양 침략의 거점으로 정비가 이루어졌으며, 인트라무로스의 구도를 유지하면서 도시를 현대화하는 방법으로 인프라 정비가 진행되었다. 유명한 마닐라 호텔도 미국 통치 시대에 건설되었다. 1935년 이후 더글러스 맥아더가 필리핀 군사 고문이라는 직함으로 마닐라에 주재하고 나중에 "필리핀 군 원수"라는 칭호를 받았다.